Nie jesteś zalogowany |
"Wykorzystanie nowej funkcji odleglosci w algorytmie przewidywania trzeciorzedowej struktury bialka z mapy kontaktów"
- Prelegent(ci)
- Michal Pietal
- Afiliacja
- Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej Warszawa
- Termin
- 5 października 2012 14:15
- Pokój
- p. 5820
- Seminarium
- Seminarium badawcze Zakładu Logiki: Wnioskowania aproksymacyjne w eksploracji danych
Zapraszam na pierwsze seminarium zakladu logiki w roku akademickim 2012-2013.
Tytul:
"Wykorzystanie nowej funkcji odleglosci w algorytmie przewidywania trzeciorzedowej struktury bialka z mapy kontaktów"
Referuje: Michal Pietal
Streszczenie:
Mapy kontaktów bialek i struktur RNA od lat stanowia pomocne narzedzie do analiz i wizualizacji makroczasteczek. Informacja z mapy kontaktów jest ponadto pomocna w przewidywaniu nieznanych struktur 3D bialek lub RNA. Spotyka sie rózne metodologie, które na podstawie mapy kontaktów bialka odtwarzaja pelnoatomowa strukture 3D z nieznacznym bledem. Jednym z podejsc do modelowania nieznanych struktur bialek na podstawie sekwencji aminokwasowej jest przewidywanie mapy kontaktów, a nastepnie odtwarzanie struktury 3D z mapy 2D. Podczas referatu, poza niezbednym wprowadzeniem, zostanie ukazany nowy algorytm, który na podstawie mapy kontaktów tworzy mape odleglosci w oparciu o nowa funkcje odleglosci, nastepnie z wykorzystaniem algorytmu MDS (Multi-Dimensional Scaling), tworzy euklidesowa mape odleglosci oraz proponuje zgrubny, zredukowany model atomowy. Na koniec przedstawione zostana typowe narzedzia do modelowania, które owocuja uzyskaniem pelnoatomowego modelu 3D, w oparciu o uzyskany wczesniej zredukowany model. Rzeczony algorytm zostal uogólniony na rozmyte mapy kontaktów, co pozwala na odtwarzanie struktur przestrzennych z sekwencji, w polaczeniu z dowolna metoda predykcji map kontaktów. Referat bedzie ilustrowany przykladami.
Tytul:
"Wykorzystanie nowej funkcji odleglosci w algorytmie przewidywania trzeciorzedowej struktury bialka z mapy kontaktów"
Referuje: Michal Pietal
Streszczenie:
Mapy kontaktów bialek i struktur RNA od lat stanowia pomocne narzedzie do analiz i wizualizacji makroczasteczek. Informacja z mapy kontaktów jest ponadto pomocna w przewidywaniu nieznanych struktur 3D bialek lub RNA. Spotyka sie rózne metodologie, które na podstawie mapy kontaktów bialka odtwarzaja pelnoatomowa strukture 3D z nieznacznym bledem. Jednym z podejsc do modelowania nieznanych struktur bialek na podstawie sekwencji aminokwasowej jest przewidywanie mapy kontaktów, a nastepnie odtwarzanie struktury 3D z mapy 2D. Podczas referatu, poza niezbednym wprowadzeniem, zostanie ukazany nowy algorytm, który na podstawie mapy kontaktów tworzy mape odleglosci w oparciu o nowa funkcje odleglosci, nastepnie z wykorzystaniem algorytmu MDS (Multi-Dimensional Scaling), tworzy euklidesowa mape odleglosci oraz proponuje zgrubny, zredukowany model atomowy. Na koniec przedstawione zostana typowe narzedzia do modelowania, które owocuja uzyskaniem pelnoatomowego modelu 3D, w oparciu o uzyskany wczesniej zredukowany model. Rzeczony algorytm zostal uogólniony na rozmyte mapy kontaktów, co pozwala na odtwarzanie struktur przestrzennych z sekwencji, w polaczeniu z dowolna metoda predykcji map kontaktów. Referat bedzie ilustrowany przykladami.
