Idea seminarium
Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące
zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej
dziedzinie. Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział
stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i
większości wiodących uniwersytetów. Obliczeniowa biologia molekularna
jest bardzo pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody
matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody
probabilistyczne, statystyka.
Jest to seminarium magisterskie przeznaczone głównie dla studentów
informatyki na wydziale MIM UW.
Tematami prelekcji są:
- prace opublikowane na łamach renomowanych czasopism naukowych;
- wyniki studentów otrzymane podczas ich zmagań z pracami
magisterskimi;
- zagadnienia molekularnej biologii obliczeniowej, którymi zajmują
się zaproszeni goście;
top
Informacje
- Na seminarium zapraszają:
- Jerzy Tiuryn
Anna Gambin
(Wydział Matematyki, Informatyki i
Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
- Czas i miejsce
- Seminarium odbywa się na wydziale MIM Uniwersytetu
warszawskiego,
Banacha 2 (wejscie od Pasteura), sala 5840
czwartki, 12.15-13.45
top
Tematy prac magisterskich (2009)
- Porównanie metod modelowania zależności pomiędzy wieloma zmiennymi z przykładami dla danych medycznych.(Promotor: Przemysław Biecek)
-
Badanie i rozwój metod identyfikacji na przykładzie lokalizacji regionu aktywnosci mózgowej u szczura (we współpracy z IBD).(Promotor: Przemysław Biecek)
- Rola ziaren (współwystępujacych par motywów) w strukturze modułów cis-regulatorowych.(Promotor: Norbert Dojer)
- Predykcja motywów de novo poprzez lokalne uliniowienie wielu sekwencji.(Promotor: Norbert Dojer)
- Dostosowanie programu BNfinder do rozwiązywania wybranych problemów bioinformatycznych.(Promotor: Norbert Dojer)
- Analiza wrażliwości molekularnych szlaków sygnałowych. (Promotor: Anna Gambin) (Katarzyna Miecznikowska)
- Webserwisy dla biologii systemów. (Promotor: Anna Gambin)
- Repozytorium transpozonów roślinnych. (Promotor: Anna Gambin) (Andrzej Chodor)
- Promotor: Paweł Górecki, tematy: tutaj
- Serwer do wyszukiwania cis-regulatorowych modułów. (Promotor: Jerzy Tiuryn)
- Rozwój programu Billboard do wyszukiwania cis-regulatorowych modułów. (Promotor: Jerzy Tiuryn)
Tematy i terminy seminariów
Plan seminariów w
semestrze letnim roku akademickiego
2008/2009.
|
19.02.2009
|
Damian Łoziński
|
Statystyczna istotność modułów
CIS-regulatorowych
|
|
|
26.02.2009
|
P. Biecek, N. Dojer P. Górecki
|
Propozycje
tematów prac magisterskich
|
|
|
05.03.2009
|
A. Gambin J. Tiuryn
|
Propozycje tematów prac
magisterskich
|
|
|
19.03.2009
|
Warsztaty Biologii Obliczeniowej
|
Molecular evolution (Oliver Eulenstein, Tomasz Zamojtel)
|
|
|
26.03.2009
|
Jarosław Paszek
|
Wyszukiwanie i analiza sekwencji transpozonowych (praca magisterska)
|
|
|
02.04.2009
|
Piotr Dittwald
|
Modelowanie procesu proteolizy
(praca magisterska)
|
|
|
16.04.2009
|
Damian Łoziński
|
Statystyczna istotność modułów
CIS-regulatorowych
|
|
|
30.04.2009
|
Michał Modzelewski
|
praca magisterska
|
|
|
07.05.2000
|
Aleksander Jankowski
|
praca magisterska
|
|
|
14.05.2009
|
Robert Źrałek
|
Efektywne klastrowanie hierarchiczne (praca magisterska)
|
|
|
21.05.2009
|
Michał Lula
|
Stochastyczne modelowanie szlaków
sygnałowych (praca magisterska)
|
.pdf
|
|
28.05.2009
|
Michał Woźniak
|
praca magisterska
|
|
|
04.06.2009
|
Marcin Lebiedowicz
|
tba
|
|
Plan seminariów w semestrze
zimowym roku akademickiego 2008/2009.
|
09.10.2008
|
Piotr Dittwald
|
Testowanie hipotez
statystycznych.
|
.pdf
|
|
16.10.2008
|
Katarzyna Siudek
|
O rekonstrukcji amplisomów.
|
.pdf
|
|
23.10.2008
|
Aleksander Jankowski
|
Modelowanie motywów łańcuchami
Markowa wyższego rzędu.
|
.pdf
|
|
30.10.2008
|
Marcin Lis
|
Modelowanie nabywania odporności u
bakterii.
|
.pdf
|
|
06.11.2008
|
Dobromiła Chwedczuk
|
Model ewolucji nieskończonych
genomów.
|
.pdf
|
|
13.11.2008
|
Michał Modzelewski
|
|
.pdf
|
|
20.11.2008
|
Michał Woźniak
|
Przestrzeń algorytmów klastrowania.
Globalne zależności w klastrowaniu hierarchicznym.
|
.pdf .pdf
|
|
27.11.2008
|
Katarzyna Miecznikowska
|
Model interakcji sieci białkowych i sieci metabolicznych
|
.pdf
|
|
04.12.2008
|
Jakub Waszczuk
|
|
.pdf
|
|
11.12.2008
|
Robert Źrałek
|
Klastrowanie hierarchiczne dużych zbiorów danych.
|
.pdf
|
|
18.12.2008
|
Łukasz Bolikowski
|
Zagadnienia grafowe w projekcie Wikipedii.
|
.pdf
|
|
08.01.2009
|
Szymon Kurek
|
Modelowanie szumu w
eksperymentach spektrometrycznych
|
.pdf
|
|
15.01.2009
|
Michał Przyłuski
|
Ewolucja transpozonów DNA
klasy II
|
.pdf
|
|
22.01.2009
|
Andrzej Chodor
|
Statystyczna istotność danych z eksperymentów a-CGH
|
.pdf
|
top
Przykłady tematów prac magisterskich z poprzednich lat
- Analiza kontekstowego modelu porównywania sekwencji
molekularnych, mgr Rafał Otto
- Klasyfikacja danych w oparciu o ekspresję genów, mgr
Joanna Reda
- Probabilistyczny model badania ekspresji genów metodą DNA-Chip,
mgr Bartosz Wilczyński
- Wybrane własności pewnej metryki dla drzew filogenetycznych,
mgr Łukasz Bolikowski
- Klasteryzacja i klasyfikacja danych spektrometrycznych,
mgr Bogusław Kluge
- Analiza motywów regulatorowych w białkach histonowych, mgr
Ignacy Kowalczyk
- Modelowanie optymalnej sieci regulacji genów, mgr Andrzej
Mizera
- Modelowanie regulacji genów w biologicznych sieciach, mgr
Katarzyna Bożek
top