Idea seminarium

Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej dziedzinie. Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i większości wiodących uniwersytetów. Obliczeniowa biologia molekularna jest bardzo pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka.

Jest to seminarium magisterskie przeznaczone głównie dla studentów informatyki na wydziale MIM UW.

Tematami prelekcji są:

prace opublikowane na łamach renomowanych czasopism naukowych;
wyniki studentów otrzymane podczas ich zmagań z pracami magisterskimi;
zagadnienia molekularnej biologii obliczeniowej, którymi zajmują się zaproszeni goście;

top

Informacje

Na seminarium zapraszają:: Jerzy Tiuryn
Anna Gambin
(Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
Czas i miejsce: Seminarium odbywa się na wydziale MIM Uniwersytetu warszawskiego,
Banacha 2 (wejscie od Pasteura), sala 5840
czwartki, 12.15-13.45
PROPONOWANE TEMATY PRAC MAGISTERSKICH:: 1. Stworzenie przyjaznego narzędzia wspomagającego diagnostykę medyczną w oparciu o dane ze spektrometru masowego. (Michał Kistowski); 2. Genomika porównawcza rodzin transpozonów roślinnych.; 3. Dwugrupowanie (bi-klasteryzacja) danych mikromacierzowych. (Aleksander Siewierski); 4. MS-BLAST z wykorzystaniem metody ziaren oraz oceny statystycznej istotności. (Maciej Sykulski); 5. Implementacja serwera znajdującego motywy w sekwencjach regulatorowych. (Tomasz Romanczuk)

Tematy i terminy seminariów

Plan seminariów w semestrze zimowym roku akademickiego 2005/2006.

06.10.2005		Spotkanie organizacyjne.
13.10.2005	Damian Wójtowicz	Identyfikacja rodzin białek w genomach.
20.10.2005	Mikołaj Rybiński	Power boosts for cluster tests.
27.10.2005	Magdalena Grzybowska	De novo identification of repeat families in large genoms.
03.11.2005		Referat z zewnątrz.
10.11.2005	Maciej Sykulski	Maximizing synteny blocks to identify ancestral homologs.
17.11.2005	Magdalena Grzybowska	De novo identification of repeat families in large genoms - c.d.
24.11.2005	Ewa Mąkosa	Praca magisterska: boosting a teoria gier.
01.12.2005	Piotr Skibiński	A faster algorithm for detecting network motifs.
08.12.2005	Patryk Szulczyk	Pep-Novo: De novo peptide sequencing via probabilistic network modeling.
15.12.2005	Mateusz Żbikowski	Gene order and phylogenetic reconstruction: application to γ-proteobacteria.
05.01.2006	Marta Łuksza	Praca magisterska: analiza dwuwymiarowych danych spektrometrycznych.
12.01.2006	Michał Kistowski	MAK, a computational tool kit for automated MITE analysis
19.01.2006	Piotr Chromiec	Praca magisterska: drzewa filogenetyczne i systemy niezależne.
26.01.2006	Miłosz Darzynkiewicz	Mauve: Multiple Alignment of Conserved Genomic Sequence With Rearrangements
23.02.2006	Maciej Jakubiec	Porównywanie sieci interakcji bialkowych
2.03.2006	Aleksander Siewerski	Motifs, themes and thematic maps of an integrated Saccharomyces cerevisiae interaction network
9.03.2006	Tomasz Romanczuk	Detection of transposable elements by their compositional bias
16.03.2006	Adam Fuksa	An Eulerian path approach to local multiple alignment for DNAsequences
23.03.2006	Sebastian Stawicki	Multiple sequence alignment using partial order graphs.
30.03.2006	AG & JT	PROPOZYCJE TEMATÓW PRAC MAGISTERSKICH
6.04.2006	Maciej Bernatowicz	Klasyfikator SVM jako filtr w zadaniu identyfikacji białek.
13.04.2006	Michal Komorowski	Wyciszanie szumu w 2-genowych sieciach regulacji
20.04.2006	Michal Komorowsk	Wyciszanie szumu w 2-genowych sieciach regulacji (kont.)
27.042006	Zofia Barańczuk	Stochastyczne modele autoregulacji w sieciach genetycznych.
4.05.2006	Zofia Barańczuk	Stochastyczne modele autoregulacji w sieciach genetycznych (kontynuacja)
11.05.2006	Maciej Sykulski	Techika declumping'u w porównywaniiu sekwencji molekularnych
18.05.2006	Mikołaj Rybiński	Analysis of Signalling Pathways Using Continuous Time Markov Chains (Muffy Calder, Vladislav Vyshemirsky, David Gilbert, Richard Orton)
25.05.2006	Miłosz Darżynkiewicz	Badanie rozkładów liczności rodzin paralogicznych w różnych modelach ewolucji genomów.
1.06.2006	Adam Fuksa	Wykrywanie rho niezaleznych terminatorow.
8.06.2006	Patryk Szulczyk	Problem identyfikacji i porównywania rejonów o niskiej złożoności (LC).

top

Przykłady tematów prac magisterskich z poprzednich lat

Analiza kontekstowego modelu porównywania sekwencji molekularnych, mgr Rafał Otto
Klasyfikacja danych w oparciu o ekspresję genów, mgr Joanna Reda
Probabilistyczny model badania ekspresji genów metodą DNA-Chip, mgr Bartosz Wilczyński
Wybrane własności pewnej metryki dla drzew filogenetycznych, mgr Łukasz Bolikowski
Klasteryzacja i klasyfikacja danych spektrometrycznych, mgr Bogusław Kluge
Analiza motywów regulatorowych w białkach histonowych, mgr Ignacy Kowalczyk
Modelowanie optymalnej sieci regulacji genów, mgr Andrzej Mizera
Modelowanie regulacji genów w biologicznych sieciach, mgr Katarzyna Bożek

top