Temat 8: Programy zewnętrzne (BLAST URLAPI)

Wstecz; Ostatnia modyfikacja: 22.04.2015

---

• Zadanie domowe 2
• BLAST URLAPI
• Etykieta używania BLAST URLAPI:
  • Ogranicz działanie skryptów do godzin nocnych, od 9 p.m. od 5 a.m., dla Eastern Standard Time (USA).
  • Skrypty nie powinny wysyłać zapytań częściej niż co 3s.
  • Skrypty powinny ograniczyć próbę pobierania wyników dla RID do co najwyżej raz na minutę.
  • Należy dodać pole "&email=" w celu możliwości kontaktu.
  • Przygotuj kod na możliwe błędy i brak wyników.
  • Nie pisz skryptów, które automatycznie wysyłają ponownie zapytania zakończone porażką.
• Pamiętaj o tym, żeby nie łamać etykiety BLAST URLAPI - grozi to tymczasowym zablokowaniem Twojego IP!. Przykład z życia;)
• Przykładowe implementacje metod get i put w Pythonie.

  import os,sys
  import httplib2
  import urllib
  
  http = httplib2.Http()
  
  urlapi = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi"
  
  def put(q, p="blastp", db="nr", alns=100, descs=100):
  	data = dict(CMD="put", 
  		QUERY=q,
  		PROGRAM=p,
  		FILTER="L",
  		DATABASE=db,
  		ALIGNMENTS=alns,
  		DESCRIPTIONS=descs
  	)
  
  	try:
  		resp, content = http.request(urlapi, "POST", urllib.urlencode(data))
  		lines = content.split("\n")
  		for line in lines:
  			line = line.strip()
  			if line.startswith("RID ="):
  				RID = line.split()[-1]
  			elif line.startswith("RTOE ="):
  				RTOE = int(line.split()[-1])
  		return RID, RTOE
  	except Exception:
  		print("Something has gone wrong.")
  		return None, None
  	return None, None
  	
  
  def get(rid, alns=100, descs=100):
  	data=dict(CMD="get",
  		RID=rid,
  		FORMAT_OBJECT="Alignment",
  		ALIGNMENT_TYPE="Pairwise",
  		FORMAT_TYPE="Text",
  		DESCRIPTIONS=str(descs),
  		ALIGNMENTS=str(alns),
  		SHOW_LINKOUT="no"
  	)
  
  	try:
  		resp, content = http.request(urlapi + "?" + urllib.urlencode(data), "GET")
  		lines = content.split("\n")
  		status = "UNKNOWN"
  		for line in lines:
  			line = line.strip()
  			if line == "Status=WAITING":
  				status = "WAITING"
  				break
  			elif line == "Status=READY":
  				status = "READY"
  		if status == "WAITING":
  			return status, []
  		elif status == "READY":
  			return status, lines
  		else:
  			return status, []
  
  	except Exception:
  		print("Something has gone wrong.")
  		status = "ERROR"
  		return status, []
  

• Ćwiczenie 1: wykorzystaj powyższy kod do uruchomienia zdalnego BLAST i pobrania wyników dla wybranej sekwencji.
• Ćwiczenie 2 (opcjonalnie): napisz program, który parsuje output trzymany z NCBI URLAPI.
• Do dużych obliczeń rekomendowany jest lokalny BLAST (BLAST+)