Temat 3: Powtórzenie

Wstecz; Ostatnia modyfikacja: 19.03.2015

---

• Organizacja pracy, alternatywne podejścia:
1. programujemy bezpośrednio na serwerze.
   • Zalety: nie tracimy czasu na wysyłanie kodu; piszemy kod w środowisku w którym będzie uruchamiany.
   • Wady: problematyczna praca gdy nie mamy internetu; zwykle konieczność korzystania z tekstowych IDE (vi, vim).
2. programujemy lokalnie, wysyłamy kod na serwer tylko na potrzeby uruchomienia obliczeń.
   • Zalety: pracujemy w ulubionym IDE.
   • Wady: dodatkowy krok wysyłania kodu na serwer.
• Systemy kontroli wersji. Obecnie popularne są SVN i git, przy czym rośnie popularność git - jądro Linuxa jest na GitHubie. Darmowe repozytoria prywatne git na BitBucket.
• Powtórzenie: przykładowe rozwiązanie wykorzystujące textutils:

#curl "http://scop.berkeley.edu/astral/subsets/?ver=2.05&get=sc&seqOption=0&item=verbose&cut=sp" > astral.txt
#curl "http://scop.berkeley.edu/downloads/parse/dir.des.scope.2.05-stable.txt" > scop.txt

cat scop.txt | cut -f 3-4 --output-delimiter=" " | grep -v "[-#]" | sort -k 2 > sc_fam.txt
cat astral.txt | cut -c 6- |grep -v "^$" | cut -d ")" -f 1 | cut -d " " -f 1,4 | sort -k 1 | cut -d " " -f 1,2 > as_fam.txt
join -1 2 -2 1 sc_fam.txt as_fam.txt > join.txt
cat join.txt | sort -r -k3 | sort -sru -k2,2 > final.txt

#time ./sol.sh 

#real	0m3.371s
#user	0m3.473s
#sys	0m0.086s

• Przystępne wprowadzenie do narzędzi unixowych: grymoire
• Przykład kodu w Pythonie rozwiązującego to samo zadanie (przeanalizować):

def readAstral(input_fn):
	input_fh = open(input_fn)
	lines = input_fh.readlines()
	input_fh.close()
	astral = {}
	for line in lines:
		line = line.strip()    #usuwamy znak konca linii
		line = line.strip(")") #usuwamy nawias
		tokens = line.split()
		if len(tokens) < 1: 
			continue
		domain_id = tokens[-4]
		score = float(tokens[-1])
		astral[domain_id] = score
	return astral

def readSCOP(input_fn):
	input_fh = open(input_fn)
	lines = input_fh.readlines()
	input_fh.close()
	scop = {}
	for line in lines:
		line = line.strip()
		if line.startswith("#"): #pomijamy linie komentarza
			continue
		tokens = line.split("\t")
		fam_id, domain_id = tokens[2:4]
		if domain_id == "-":
			continue
		if not fam_id in scop:
			scop[fam_id] = set([])
		scop[fam_id].add(domain_id)
	return scop

def combine(astral, scop):
	res = []
	MIN = -100000
	for fam_id in scop.keys():
		best_domain_id = ""
		best_score = MIN
		for domain_id in scop[fam_id]:
			score = astral.get(domain_id, MIN)
			if score > best_score:
				best_score = score
				best_domain_id = domain_id 
		if len(best_domain_id) > 0:
			res.append((fam_id, best_domain_id, best_score))
	return res

astral = readAstral("astral.txt")
scop = readSCOP("scop.txt")

result = combine(astral, scop)

for (fam_id, domain_id, score) in result:
	print(" ".join([domain_id, fam_id, str(score)]))

# time python sol2.py > final_py.txt

# real	0m0.625s
# user	0m0.596s
# sys	0m0.028s

• Dyskusja wad i zalet obu podejść.
Przykładowe zalety bash:
• szybka implementacja prostych programów
• szybkie prototypowanie
• możliwość szybkiej weryfikacji hipotez
Przykładowe wady basha względem Pythona:
• kod trudny do zrozumienia dla innych i siebie po pewnym czasie (brak sugestywnych nazw zmiennych)
• problematyczna re-używalność kodu - zwykle nie robimy backapu wpisywanych komend bashowych
• brak wieloplatformowości
• Generalna konkluzja: im więcej znamy technik programowania, tym lepiej.
• Python: rozsądna alternatywa pomiędzy bashem a językami jak Java czy C++.