Temat 11: Przetwarzanie równoległe (II)

Wstecz; Ostatnia modyfikacja: 13.05.2015

---

• Ćwiczenie 0 (dokończenie): napisz program "runblast.py", który wyszukuje zadaną sekwencję białkową w tych bazach danych BLAST używając programu blastp lub psiblast.

cmd = "blastp -evalue 1e-10 -db dbs/mtu -query query.fasta -out mtu.out -outfmt 6"
os.system(cmd)

• Standardowe biblioteki wspierające wielowątkowość i wieloprocesowość w Pythonie: threading oraz multiprocessing
• Procesy (ang. processes) posiadają, między innymi:
• systemowy identyfkator procesu (PID)
• wirtualną przestrzeń adresową
• wykonywalny kod maszynowy
• przynajmniej jeden wątek wykonania
• Przykład programu z wieloma procesami

import multiprocessing
from multiprocessing import Pool

def f(x):
	return (x, x*x)

if __name__ == '__main__':
	workers = multiprocessing.cpu_count()
	pool = Pool(processes=workers)

	res = pool.imap_unordered(f, range(200), chunksize=5)
	for r in res:
		print(r)

• Ćwiczenie 1: przetestuj szybkość działania powyższego programu (oraz nieco zmodyfikowanych wersji) w zależności od liczby wykorzystywanych wątków / procesów. Zbadaj obciążenie procesora wykananiem badanych programów. Ile rdzeni jest wykorzystywanych?
• Ćwiczenie 2: napisz program "runblastmulti.py", który wyszukuje zadaną sekwencję białkową w tych bazach danych BLAST używając programu blastp lub psiblast, ale na zadanej liczbie procesów. Wykorzystaj bibliotekę multiprocessing.