Włączenie informacji o genetycznej różnorodności
do analizy danych z sekwencjonowania DNA


projekt Naukowego Centrum Nauki, konkurs OPUS 11

Opis projektu

W większości eksperymentów wykorzystujących sekwencjonowanie DNA pierwszy etap analizy polega na zrekonstruowaniu obszarów pochodzenia odczytów w genomie. W tym celu odczyty mapuje się na genom referencyjny, złożony z najbardziej typowych dla danego gatunku wariantów sekwencji. Genomy referencyjne są obecnie dostępne dla tysięcy gatunków, a główny ciężar badań przenosi się w kierunku analizy różnorodności genomowej w obrębie poszczególnych gatunków. Jest to szczególnie widoczne w przypadku genomiki człowieka, gdzie rozwój jest napędzany perspektywą zastosowań w medycynie spersonalizowanej. Jednakże, pomimo ogromnej i wciąż rosnącej ilości dostępnych danych, obecnie stosowane procedury analizy ograniczają się do wykorzystania genomów referencyjnych, co niepotrzebnie zaburza wyniki badań.

Temu właśnie problemowi poświęcony jest niniejszy projekt. Wprowadzimy w nim pojęcie multi-genomu referencyjnego, który pozwoli modelować różnorodne warianty poszczególnych obszarów genomu. Opracujemy oprogramowanie włączające multi-genomy w obecnie stosowane procedury analizy danych z sekwencjonowania. Będzie się składać ono z programu mapującego odczyty na multi-genom oraz zestawu narzędzi do adaptacji wyników mapowania do dalszych etapów analizy. Zalety naszego podejścia zostaną zilustrowane analizą danych z sekwencjonowania w badaniach powstawania pęknięć i mechanizmów naprawy DNA.

Podsumowując, w wyniku naszego projektu powstanie kompletny zestaw narzędzi do włączenia multi-genomu referencyjnego do przetwarzania danych z sekwencjonowania DNA. Nasze podejście będzie użyteczne dla szerokiej gamy badań naukowych korzystających z technologii sekwencjonowania, w tym dla genomiki nowotworów i medycyny spersonalizowanej.

Oferty stypendialne

Obecnie oferujemy po 1 stypendium dla doktorantów oraz dla magistrantów.

Konkurs na stypendium doktoranckie

Co?
  • stypendium 3000 PLN/miesiąc
  • początek: lipiec-październik 2017
  • okres: do 36 miesięcy
Dla kogo?
  • słuchacz(-ka) studium doktoranckiego (obecnie lub od października 2017)
  • absolwent(-ka) informatyki, bioinformatyki lub pokrewnego kierunku
  • sprawnie programujący(-a) w C/C++
  • zainteresowany(-a) projektowaniem i implementacją efektywnych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania DNA
  • gotów(-owa) do zaangażowania się w pracę nad projektem
Jak?
  • proszę przesłać CV i list motywacyjny na adres dojer@mimuw.edu.pl
  • termin przyjmowania zgłoszeń: 12.06.2017. 19.06.2017.

Konkurs na stypendium magisterskie

Co?
  • stypendium 1000 PLN/miesiąc
  • początek: lipiec-październik 2017
  • okres: do 24 miesięcy
Dla kogo?
  • student(-ka) etapu magisterskiego (obecnie lub od października 2017)
  • z licencjatem z informatyki, bioinformatyki lub pokrewnego kierunku
  • z doświadczeniem w programowaniu
  • zainteresowany(-a) analizą danych z sekwencjonowania DNA i/lub projektowaniem i implementacją narzędzi do tej analizy
  • gotów(-owa) do zaangażowania się w pracę nad projektem
Jak?
  • proszę przesłać CV i list motywacyjny na adres dojer@mimuw.edu.pl
  • termin przyjmowania zgłoszeń: 12.06.2017. 19.06.2017.

Kontakt