Propozycje tematów prac magisterskich

Norbert Dojer

Rozbudowa programu Bmap

Program Bmap (.pdf) służy do mapowania (odwzorowania na genom) odczytów z sekwencerów nowej generacji. Został on tak zaprojektowany, żeby efektywnie mapować odczyty o długości 75-200bp nawet znacznie różniące się od sekwencji referencyjnej (do 10%). Celem pracy jest zaimplementowanie dodatkowych funkcjonalności programu:

mapowanie z insercjami i delecjami
ocena wiarygodności mapowania poszczególnych odczytów
wykorzystanie informacji o jakości odczytów
(ewentualnie) wykorzystanie informacji o sparowanych (paired-end) odczytach

Odwzorowanie odczytów z sekwencjonowania na polimorficzny genom referencyjny

Projekt HapMap pozwolił na oszacowanie w ludzkim genomie wielu miejsc polimorficznych SNP (single nucleotide polymorphism), jak również na określenie występowalności wariantów SNP w różnych populacjach. Podobne informacje można znaleźć dla polimorfizmów CNV (copy number variation), większych insercji i delecji. Wielu informacji o zmienności dostarcza też projekt 1000 genomów.
Celem pracy jest zaprojektowanie i implementacja narzędzia wykorzystującego tego typu dane do poprawienia jakości mapowania odczytów. Do reprezentowania polimorficznego genomu referencyjnego proponuję zastosować zmodyfikowany q-sample index (.pdf).

Webserwis do analizy regulacji transkrypcji

Celem pracy jest implementacja webserwisu udostępniającego różne narzędzia do analizy regulacji transkypcji. Trzon serwisu stanowić mają programy zastosowane w następujących publikacjach:

Bartek Wilczyński, Norbert Dojer, Mateusz Patelak and Jerzy Tiuryn. Finding evolutionarily conserved cis-regulatory modules with a universal set of motifs. BMC Bioinformatics 2009, 10:8 (link)
Norbert Dojer, Przemysław Biecek, and Jerzy Tiuryn. Bi-Billboard: Symmetrization and Careful Choice of Informant Species Results in Higher Accuracy of Regulatory Element Prediction. Journal of Computational Biology. June 2011, 18(6): 809-819 (link)
Michał Dąbrowski, Norbert Dojer, Małgorzata Zawadzka, Jakub Mieczkowski and Bożena Kamińska. Comparative analysis of cis-regulation following stroke and seizures in subspaces of conserved eigensystems. BMC Systems Biology 2010, 4:86 (link)