Egzamin wstępny na studia drugiego stopnia z bioinformatyki i biologii systemów obejmuje następujące zagadnienia:
Matematyka i informatyka
-
Rachunek różniczkowy i całkowy
-
Wielomiany i twierdzenie Bezout
-
Funkcje wymierne i funkcje elementarne (funkcja wykładnicza, logarytm, funkcje trygonometryczne)
-
Ciągi i szeregi
-
Granica i ciągłość funkcji
-
Pojęcie pochodnej, interpretacja
-
Rachunek różniczkowy i całkowy funkcji jednej zmiennej (twierdzenie o wartości średniej, ekstrema, wzór Taylora, wyrażenia nieoznaczone, badanie przebiegu zmienności)
-
Całka Newtona i jej interpretacja geometryczna
-
Matematyka dyskretna i algebra liniowa
-
Zliczanie obiektów (permutacje, kombinacje, wariacje, dwumian Newtona)
-
Funkcje (obraz, przeciwobraz, iniekcje, surjekcje, bijekcje)
-
Zbiory, moce zbiorów, relacje równoważności, porządki
-
Teoria grafów (dwudzielność, spójność, cykliczność, ścieżki i cykle Eulera/Hamiltona, drzewa jako grafy)
-
Przestrzenie i przekształcenia liniowe (baza przestrzeni, wymiar przestrzeni)
-
Macierze (rząd macierzy, wyznaczniki, wektory własne)
-
Rachunek prawdopodobieństwa i statystyka
-
Modele dyskretne rachunku prawdopodobieństwa
-
Podstawowe rozkłady ciągłe i dyskretne
-
Prawo wielkich liczb i centralne twierdzenie graniczne
-
Przedziały ufności
-
Testy istotności
-
Model liniowy
-
Statystyczna analiza danych
-
Klasteryzacja danych (metoda k-średnich, metody hierarchiczne)
-
Metody redukcji wymiaru, w tym analiza składowych głównych (PCA)
-
Klasyfikacja danych: Klasyfikator bayesowski, klasyfikator kNN, klasyfikatory drzewowe
-
Regresja liniowa
-
Miary jakości klasyfikatorów (czułość, specyficzność, itp.)
-
Wstęp do informatyki
-
Podstawy programowania w języku Python
-
Konstrukcje sterujące
-
Podstawy programowania obiektowego
-
Słowniki i listy
-
Operacje na napisach
-
Podstawy obsługi systemów linuksowych z linii komend (powłoka bash)
-
Algorytmy i struktury danych
-
Zasady analizy algorytmów: kryteria, aparat matematyczny
-
Sortowanie: problem, podstawowe algorytmy (przez wstawianie, przez scalanie, przez zliczanie, sortowanie szybkie)
-
Algorytmy na drzewach (reprezentacja drzew ukorzenionych, obiegi drzew)
-
Algorytmy grafowe (reprezentacja grafów, przeszukiwanie wszerz i w głąb, znajdowanie najkrótszych ścieżek)
-
Algorytmy Needlemana-Wunscha i Smitha-Watermana
Biologia
-
Biologia – pojęcia ogólne
-
Poziomy organizacji życia (komórki, tkanki, organizmy, populacje, ekosystemy)
-
Podstawowe teorie biologiczne (komórkowa, ewolucji i doboru naturalnego, dziedziczenia)
-
Biochemia
-
Budowa i właściwości najważniejszych związków drobnocząsteczkowych (aminokwasy, cukry, nukleotydy, związki lipidowe, metabolity wtórne)
-
Budowa i właściwości najważniejszych związków wielkocząsteczkowych (białka, kwasy nukleinowe, polisacharydy)
-
Główne szlaki metaboliczne
-
Elementy katalizy enzymatycznej
-
Elementy bioenergetyki
-
Poziomy organizacji strukturalnej białek, motywy strukturalne i klasyfikacja strukturalna białek
-
Siły kształtujące struktury przestrzenne
-
Metody badania struktury białek
-
Centrum aktywne
-
Regulacja aktywności enzymów (allosteria, kooperatywność, różne rodzaje hamowania)
-
Regulacja i koordynacja przemian metabolicznych
-
Rybozymy
-
Biologia molekularna
-
Podstawowe pojęcia: materiał genetyczny, informacja genetyczna, kod genetyczny
-
Podstawy genetyki klasycznej
-
Genetyka człowieka: cechy jednogenowe i wieloczynnikowe, odziedziczalność. Zmiany dziedziczone a somatyczne, genetyka nowotworów
-
Wybrane metody badawcze genetyki i genomiki
-
Sekwencje kodujące, niekodujące i inne elementy genomów
-
Genomika
-
Ewolucja sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych
-
Chromatyna
-
Replikacja DNA
-
Stabilność genomu: mutageneza, naprawa uszkodzeń DNA, rekombinacja
-
Transkrypcja i translacja
-
Kontrola aktywności genów
-
Mechanizmy epigenetyczne
-
Składanie i edytowanie RNA
-
Regulacyjne RNA
-
Dojrzewanie białek (folding, modyfikacje potranslacyjne)
-
Adresowanie białek
-
Degradacja białek (ubikwitynacja, proteosom, autofagia, reguła N-końca)
-
Biologia komórki
-
Typy budowy komórki (prokariotyczna, eukariotyczna, zwierzęca, roślinna)
-
Błony biologiczne i transport przez błony
-
Organelle
-
Cykl komórkowy
-
Mitoza i mejoza
-
Przekazywanie sygnałów w komórce i szlaki sygnałowe
-
Regulacja i koordynacja metabolizmu w komórce
-
-
Biologia organizmów
-
Regulacja i koordynacja metabolizmu w organizmie
-
Elementy immunologii
-
Regulacja hormonalna i nerwowa
-
Elementy neurofizjologii