Cel i ogólny program zajęć
Zaliczenia
Harmonogram
Linki

Poznanie narzędzi bioinformatycznych.

1. Spotkanie organizacyjne
2. PHYLIP
3. BLAST na podstawie:
   • NCBI blast
   • The BLAST Sequence Analysis Tool by Tom Madden
4. Uliniowienie wielu sekwencji
   
   • ClustalW
   • Mafft
   • TCoffee
   • Alignment visualization, etc
5. Zasoby NCBI dotyczące człowieka
   
   • NCBI - human genome
   • oraz OMIM db SNP na podstawie The NCBI Handbook.
6. Gene Ontology
   
   • Gene ontology
   • EBI
     
   • oraz ew.: Human Genome Project
7. Mikromacierze
   
   • wstęp Gene chips
   • The Brown Lab
     
   • bazy
     
   • dodatkowo
     • ArrayExpress - MicroArray informatics at the EBI
       
     • ExpressDB - Yeast and E.coli RNA expression db
       
     • GeneX - Gene Expression project
       
     • GEO - Gene Expression Omnibus
       
     • RAD - RNA abundance db
       
     • SMD - Stanford microarray db
       
   • oraz dla zainteresowanych statystyką:
     • Microarray Software Comparison - R packages for microarray analysis
8. Regulacja transkrypcji
   • TRANSFAC (czynniki transkrypcyjne)
   • Przykład sieci regulacji
9. Oddziaływania białko-białko
   • Protein-Protein-Interaction and Complex Viewer
   • Database of Interacting Proteins
   • eksperyment - metoda Y2H
   • Narzędzia
   • ewentualnie dodatkowo bazy:
     • BIND - Biomolecular Interaction Network Database
     • MINT - Molecular INTeraction database
     • HPRD - Human Protein Reference Database
     • GRID - General Repository for Interaction Dataset
     • PPI JCB Protein-Protein Interaction Website
10. Proteomika: identyfikacja białek
    • Narzędzia: Software for Protein Identification
    • W szczególności: MASCOT
    • Sekwencjonowanie de-novo np. Lutefiks
11. Spektrometria: interpretacja widm
    • podejście a la mikromacierze - link ze strony Specarray
    • A.Gambin i grupa - kontakt osobisty
12. Genomika porównawcza:
    • Mummer
    • Multiple genome alignment mauve
13. Baza danych COG
    • Phylogenetic classification of proteins encoded in complete genomes
14. Treebase
    • A Database of Phylogenetic Knowledge

Na ocenę wystawianą na podstawie:

• prezentacji przedstawionej na laboratorium z listy tematów od 3 do 14; kolejność wg tej listy; każda prezentacja powinna zawierać min. 3 zadania do wykonania na zajęciach; prezentacja zajmuje 1 lab
• min. 3 stronicowego skryptu; skrypt należy wysłać dzień przed zajęciami - będzie wręczony w czasie laboratorium wszystkim uczestnikom; preferowany format to pdf; będą zamieszczane na tej stronie

wtorki godz. 16:15 lab. 1

21.02.2006 - organizacyjne
28.02.2006 - PHYLIP
07.03.2006 - Patryk Szulczyk, nr 4
14.03.2006 - Piotr Skibinski, Konformacje 3D bialek
21.03.2006 - Mikolaj Rybinski, nr 7
28.03.2006 - Adam Fuksa, Niezalezne terminatory
04.04.2006 - Mateusz Patelak, nr 8
11.04.2006 - Maciej Sykulski, nr 9
18.04.2006 - przerwa
25.04.2006 - Pawel Banasik, nr 11
02.05.2006 - dzień wolny
09.05.2006 - Milosz Darzynkiewicz, nr 12
16.05.2006 - Tomasz Romanczuk, nr 10
23.05.2006 - Maciej Kalbarczyk, nr 3
30.05.2006 - Adam Busch, nr 13
06.06.2006 - Piotr Stawinski nr 5/Aleksander Siewierski nr ?