| Powrót do listy seminariów |
Seminarium Matematyczne Metody Biologii
Seminarium jest poświęcone aktualnym problemom biologii obliczeniowej. Główne kierunki zainteresowań to: genomika porównawcza, proteomika, ewolucja molekularna, sieci regulacji genów, sieci przekazywania sygnałów oraz sieci oddziaływań białko-białko. Na seminarium, oprócz wyników własnych (doktorantów i pracowników), planuje się również referaty poświęcone przeglądowi literatury.
Prowadzi: Jerzy Tiuryn
Seminarium posiada własną stronę internetową.
| 2012-05-16, godz. 10:15, s. 5820 |
| Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore) |
| Widespread cooperative binding of mammalian transcription factor complexes in vivo |
| 2012-05-09, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Kombinatoryczne stosowanie leków: przegląd literatury i baz danych |
| 2012-04-25, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Startek (Uniwersytet Warszawski) |
| O transpozonach raz jeszcze |
| 2012-04-18, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| O uzgadnianiu drzew raz jeszcze |
| 2012-04-04, godz. 10:15, s. 5820 |
| Robert Szczelina (Uniwersytet Jagielloński) |
| Mocne i słabe strony metod rekonstrukcji sieci zależności genowych |
| 2012-03-28, godz. 10:15, s. 5820 |
| Magdalena Kroteń (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN) |
| Histon łącznikowy H1 u Arabidopsis thaliana |
| 2012-03-21, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Evolution of drug resistance and compensatory mutations: literature review |
| 2012-03-14, godz. 10:15, s. 5820 |
| Piotr Dittwald (Uniwersytet Warszawski) |
| Inverted low-copy repeats and genome instability – a genome-wide approach |
| 2012-03-07, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Nowe techniki badania dostępności chromatyny: przegląd literatury |
| 2012-02-29, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Jak reprezentować stan chromatyny w komputerze: przegląd literatury |
| 2012-02-22, godz. 10:15, s. 5820 |
| Jerzy Tiuryn (Uniwersytet Warszawski) |
| Ogólne podejście do uzgadniania drzew genów z drzewami gatunków |
| 2012-02-15, godz. 10:15, s. 5820 |
| Przemysław Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Przedstawienie pracy „Detecting Novel Associations in Large Data Sets”, David N. Reshef et al., Science (2011) |
| 2012-01-18, godz. 10:15, s. 5820 |
| Norbert Dojer (Uniwersytet Warszawski) |
| Efektywne mapowanie odczytów z sekwencera zawierających błędy |
| 2012-01-11, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2012-01-04, godz. 10:15, s. 5820 |
| Piotr Dittwald (Uniwersytet Warszawski) |
| Modelowanie danych spektrometrycznych (algorytm do liczenia obwiedni izotopowych) |
| 2011-12-21, godz. 10:15, s. 5820 |
| Marta Prymakowska-Bosak (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN) |
| Analiza globalnych zmian transkryptomu komórek T87 Arabidopsis thaliana w odpowiedzi na stres abiotyczny |
| 2011-12-14, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Komorowski (Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN) |
| Statistics for dynamical models of biochemical systems |
| 2011-12-07, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Predykcja oporności na antybiotyki w bakteriach na podstawie sekwencji genomowych |
| 2011-11-30, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Nowe algorytmy dla uzgadniania nieukorzenionych drzew genów i ukorzenionych drzew gatunków |
| 2011-11-23, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN) |
| Baza danych TRAM – łatwy dostęp i integracja danych użytkownika z Ensembl funcgen |
| 2011-11-16, godz. 10:15, s. 5820 |
| Teresa Przytycka (National Center for Biotechnology Information, Bethesda, Maryland, USA) |
| Toward bridging the gap between genotype and phenotype – systems biology approach |
| 2011-11-09, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Chwytanie obszarów regulatorowych na gorącym uczynku w sieci Bayesowskie |
| 2011-11-02, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| CAMBer: an approach to support comparative analysis of multiple bacterial strains |
| 2011-10-26, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Predicting cell type-specific transcription factor cooperative binding |
| 2011-10-19, godz. 10:15, s. 5820 |
| Łukasz Bieniasz-Krzywiec (Uniwersytet Warszawski) |
| Odtwarzanie interakcji chromatyny na podstawie danych o modyfikacjach histonów |
| 2011-10-12, godz. 10:15, s. 5820 |
| Wiesława Widłak (Instytut Onkologii, Oddział w Gliwicach) |
| Komórkowo-swoisty mechanizm apoptozy indukowanej przez stres |
| 2011-10-05, godz. 10:15, s. 5820 |
| Ewa Szczurek (Max Planck Institute for Molecular Genetics) |
| Modeling genetic interactions in cancer |
| 2011-06-01, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Simulating stochastic cell populations |
| 2011-05-25, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Finding transcription factors involved in development by motif enrichment in enhancers targeted by feed-forward regulation |
| 2011-05-18, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Daniluk (Uniwersytet Warszawski) |
| Alignment of protein structures |
| 2011-05-11, godz. 10:15, s. 5820 |
| Anna Gambin (Uniwersytet Warszawski) |
| Genomic hypomethylation in the human germline associates with structural mutability in the human genome |
| 2011-05-04, godz. 11:00, s. 5820 |
| Julia Romanowska (Uniwersytet Warszawski) |
| Yet another clustering method for molecular dynamics simulations' data |
| 2011-05-04, godz. 10:15, s. 5820 |
| Julia Romanowska (Uniwersytet Warszawski) |
| Physicochemical features of aminoglycoside modifying enzymes |
| 2011-04-20, godz. 10:15, s. 5820 |
| Przemysław Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Selected papers from RECOMB 2011 |
| 2011-04-13, godz. 10:15, s. 5820 |
| Norbert Dojer (Uniwersytet Warszawski) |
| Text indexes and sequencing read mapping |
| 2011-04-06, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2011-03-30, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Finding transcription factors involved in development by motif enrichment in enhancers targeted by feed-forward regulation |
| 2011-03-23, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski oraz Genome Institute of Singapore) |
| The determinants of nucleosome organisation |
| 2011-03-16, godz. 10:15, s. 5820 |
| Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore) |
| Optimal signal detection and signal estimation from next-gen sequence tag profiles |
| 2011-03-09, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Sowiński (Uniwersytet Warszawski) |
| Rhythmic diel pattern of gene expression in maize – nocturnal life of plants |
| 2011-03-02, godz. 10:15, s. 5820 |
| Tomasz Gambin (Politechnika Warszawska) |
| Design of experiments and genomic data analysis in array-based CGH technology |
| 2011-02-23, godz. 10:15, s. 5820 |
| Przemysław Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Selected papers from the computational statistics conference Neural Information Processing Systems (NIPS) |
| 2011-02-16, godz. 10:15, s. 5820 |
| Maciej Sykulski (Uniwersytet Warszawski) |
| Semantic Internet for bioinformatics – state of the art and perspectives |
| 2011-01-19, godz. 10:15, s. 5820 |
| Jerzy Tiuryn (Uniwersytet Warszawski) |
| Sequencing: from first to third generation. An overview |
| 2011-01-12, godz. 10:15, s. 5820 |
| Julia Romanowska (Uniwersytet Warszawski) |
| Comparative analysis of aminoglycosidic antibiotics' binding sites |
| 2011-01-05, godz. 10:15, s. 5820 |
| Andrzej Jerzmanowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Global methods of chromatine mapping in the studies of functional organization of genomes |
| 2010-12-15, godz. 10:15, s. 5820 |
| Mikołaj Rybiński (Uniwersytet Warszawski) |
| Model-based testing for heterogenity of the cell membrane receptors |
| 2010-12-08, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2010-12-01, godz. 10:15, s. 5820 |
| Janusz Dutkowski (University of California, San Diego) |
| Odkrywanie kombinatorycznych kompleksów białkowych |
| 2010-11-24, godz. 10:15, s. 5820 |
| Piotr Dittwald (Uniwersytet Warszawski) |
| Analiza statystyczna układu nerwowego Caenorhabditis elegans |
| 2010-11-17, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Startek (Uniwersytet Warszawski) |
| Dynamika amplifikacji transpozonów roślinnych |
| 2010-11-10, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paolo Missier (University of Manchester) |
| Programming scientific data pipelines with the Taverna workflow management system |
| 2010-11-03, godz. 10:15, s. 5820 |
| Norbert Dojer (Uniwersytet Warszawski) |
| Bi-billboard: symetryzacja i odpowiedni wybór gatunku referencyjnego poprawiają predykcje elementów regulatorowych |
| 2010-10-27, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Korekcja błędów w modelu drzew uzgadniających |
| 2010-10-20, godz. 10:15, s. 5820 |
| Jerzy Tiuryn (Uniwersytet Warszawski) |
| Uzgadnianie anotacji genomów blisko spokrewnionych szczepów bakterii |
| 2010-10-13, godz. 10:15, s. 5820 |
| Mikołaj Rybiński (Uniwersytet Warszawski) |
| Usługi sieciowe Taverny do analizy modeli systemów biologicznych |
| 2010-10-06, godz. 10:15, s. 5820 |
| Przemysław Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd referatów z konferencji useR2010 |
| 2010-06-02, godz. 10:15, s. 5820 |
| Przemysław Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Semi-supervised learning: teoria, oprogramowanie i przykłady zastosowania do danych biologicznych na podstawie pracy Szczurek et al. 2010 |
| 2010-05-26, godz. 10:15, s. 5820 |
| Agnieszka Ludwikow (Uniwersytet Adama Mickiewicza) |
| Flipping the switch on stress tolerance ABI1 PP2C functional association network |
| 2010-05-19, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Startek (Uniwersytet Warszawski) |
| Modelowanie ewolucji transpozonów roślinnych |
| 2010-05-12, godz. 10:15, s. 5820 |
| Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore) |
| Biophysical modeling of ChIP-seq data reveals complexity of protein-DNA binding in vivo |
| 2010-05-05, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Przewidywanie miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w obecności nukleosomów |
| 2010-04-28, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bogusław Kluge (Uniwersytet Warszawski) |
| Model proteolizy uwzględniający czas |
| 2010-04-21, godz. 10:15, s. 5820 |
| Maciej Sykulski (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2010-04-14, godz. 10:15, s. 5820 |
| Ewa Szczurek (Max Planck Institute for Molecular Genetics oraz Uniwersytet Warszawski) |
| Odkrywanie deregulacji genów poprzez eksperymenty perturbacyjne |
| 2010-03-31, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Porównanie ośmiu szczepów M. tuberculosis w obecności danych o oporności na leki |
| 2010-03-24, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bogusław Kluge (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2010-03-17, godz. 10:15, s. 5820 |
| Maciej Sykulski (Uniwersytet Warszawski) |
| Gromadzenie, analiza i wnioskowanie z danych aCGH (mikromacierze DNA) |
| 2010-03-10, godz. 10:15, s. 5820 |
| Bartek Wilczyński (Uniwersytet Warszawski) |
| Jakościowa predykcja ekspresji genów w modelu probabilistycznym |
| 2010-03-03, godz. 10:15, s. 5820 |
| Andrzej Jerzmanowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Kompleksy przebudowujące chromatynę u roślin – stan wiedzy na dziś i perspektywy badań |
| 2010-02-24, godz. 10:15, s. 5820 |
| Anna Gambin (Uniwersytet Warszawski) |
| Modelowanie procesu proteolizy |
| 2010-02-17, godz. 10:15, s. 5820 |
| Norbert Dojer (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2010-01-20, godz. 10:15, s. 5820 |
| Magdalena Rowicka (Sealy Center for Molecular Medicine, University of Texas Medical Branch at Galveston) |
| Analiza danych genomicznych oparta na teorii informacji |
| 2010-01-13, godz. 10:15, s. 5820 |
| Limsoon Wong (National University of Singapore) |
| Topology of PPI Networks - Applications and Questions |
| 2010-01-06, godz. 10:15, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Maksymalizacja wiarygodności w modelu drzew uzgadniających |
| 2009-12-16, godz. 10:15, s. 5820 |
| Wiesława Widłak (Instytut Onkologii, Gliwice) |
| Analiza porównawcza globalnych wzorów wiązania czynnika transkrypcyjnego HSF1 i profili ekspresji genów swoistych dla hepatocytów i spermatocytów |
| 2009-12-09, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Dane molekularne dla M. tuberculosis i możliwości ich wykorzystania do walki z opornością na leki |
| 2009-12-02, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Od danych chip-seq do profilu wiązania czynnika transkrypcyjnego (kontynuacja) |
| 2009-11-25, godz. 10:15, s. 5820 |
| Aleksander Jankowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Od danych chip-seq do profilu wiązania czynnika transkrypcyjnego |
| 2009-11-18, godz. 10:15, s. 5820 |
| Mikołaj Rybiński (Uniwersytet Warszawski) |
| Niejednorodność receptorów na membranie komórkowej |
| 2009-11-04, godz. 10:15, s. 5820 |
| Jakub Koperwas (Instytut Informatyki, Politechnika Warszawska) |
| Analiza drzew o poetykietowanych liściach w kontekście problemu konkurujących hipotez ewolucyjnych |
| 2009-10-28, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Startek (Uniwersytet Warszawski) |
| Modelowanie procesu amplifikacji retrotranspozonów rodziny Alu |
| 2009-10-21, godz. 10:15, s. 5820 |
| Norbert Dojer (Uniwersytet Warszawski) |
| Omówienie prac z konferencji RECOMB Comparative Genomics 2009 |
| 2009-10-14, godz. 10:15, s. 5820 |
| Janusz Dutkowski (Uniwersytet Warszawski) |
| Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2009-10-07, godz. 10:15, s. 5820 |
| Michał Woźniak (Uniwersytet Warszawski) |
| Badania nad powstawaniem oporności M. tuberculosis na leki |
| 2009-03-11, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Daniel Wójcik (Instytut im. Nenckiego) |
| Czy neuroinformatyka to cos dla informatyka? |
| 2009-03-04, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Boguslaw Kluge (Uniwersytet Warszawski) |
| Przeglad nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2008-12-17, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Winfried Just (Dept. of Math., Ohio University, Athens, USA.) |
| "Dyskretne i niedyskretne modele sieci neuronow". |
| 2008-12-10, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Boguslaw Kluge (Uniwersytet Warszawski) |
| Niezmienniki filogenetyczne |
| 2008-12-03, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Paweł Górecki (Uniwersytet Warszawski) |
| Przeglad nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2008-11-26, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Mikolaj Rybinski (Uniwersytet Warszawski) |
| Analiza wrazliwosci układow reakcji biochemicznych (kontynuacja) |
| 2008-11-19, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Mikolaj Rybinski (Uniwersytet Warszawski) |
| Analiza wrazliwosci układow reakcji biochemicznych |
| 2008-11-05, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Jerzy Tiuryn (Uniwersytet Warszawski) |
| Przeglad nowych publikacji bioinformatycznych |
| 2008-10-29, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Maciej Sykulski (Uniwersytet Warszawski) |
| Estymacja FDR (false discovery rate) oraz inne zagadnienia przy analizie danych aCGH (array comparative genomic hybridization). |
Więcej informacji: http://bioputer.mimuw.edu.pl/seminars/mmb |
| 2008-10-22, godz. 10:15 - 12, s. 5820 |
| Przemyslaw Biecek (Uniwersytet Warszawski) |
| Monitorowanie stanu przeszczepionej nerki i problemy statystyczne zwiazane z tym zagadnieniem |
Więcej informacji: http://bioputer.mimuw.edu.pl/seminars/mmb |
| 2008-10-15, godz. 12:15 - 14, s. 3170 |
| Andrzej Mizera (Abo Akademi University & Turku Centre for Computer Science, Turku, Finlandia oraz IPPT PAN) |
| Modelowanie odpowiedzi bialkowej na szok termiczny w komorce eukariotycznej |
| 2008-10-01, godz. 10:15 , s. 5820 |
| Ewa Szczurek (MaxPlank Institute, Berlin oraz MIM UW) |
| Talk and crosstalk properties emerging from cause-effect experimental data |
Więcej informacji: http://bioputer.mimuw.edu.pl/seminars/mmb |
| 2003-01-07, godz. 12:15 - 14, s. 3170 |
| Krzysztof Ginalski (ICM UW, BioInfoBank Institute) |
| CASP5 -- modelowanie struktury bialek w oparciu o podobienstwo sekwencyjne |