Opis przedmiotu

Wykład monograficzny dla studentów starszych lat Informatyki oraz Matematyki. Wprowadzenie do problematyki biologii obliczeniowej. Zapoznanie studentów z pewnymi problemami leżącymi u podstaw tej dziedziny.

Prowadzący

Jerzy Tiuryn
Wykład odbywa się w semestrze zimowym 2005/06 w środy, 8:30-10:00, sala 5820.
Ćwiczenia: dr Norbert Dojer, poniedziałki, 8:30-10, sala 5870, oraz piątki, 10:15-11:45, sala 3190.

Egzamin (ustny): 7.02.2006, początek godz. 9:00, sala 5720

Literatura:

D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge Univ. Press, 1997.
W.-H. Li Molecular Evolution, Sinauer Associates, 1997
M. S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman&Hall/CRC, 1995

Plan wykładu:

Wstęp biologiczny -- elementarne wiadomości z biologii molekularnej (1-2 wykłady)
Uliniowienie dwóch i więcej sekwencji. Problem podobieństwa sekwencji. Algorytm Smitha-Watermana. Algorytmy aproksymacyjne dla uliniowienia wielu sekwencji. Program BLAST (3-4 wykłady)
Modele ewolucji sekwencji (DNA i białek). Model Jukesa-Cantora oraz model Kimury. Tablice substytucyjne aminokwasów (2-3 wykłady)
Ukryte modele Markowa i ich zastosowanie do odkrywania podobieństwa sekwencji (1-2 wykłady)
Konstrukcja drzew filogenetycznych – podstawowe algorytmy (3-4 wykłady)

Notatki do wykładu

Wstęp biologiczny, prezentacja (plik .pdf 6.3MB)
Wstęp biologiczny, notatki (.pdf 100KB)
Globalne podobieństwo sekwencji, wykłady 3-4 (.pdf 100KB)
Lokalne podobieństwo dwóch sekwencji, wykład 5 (.pdf 106KB)
Algorytmy heurystyczne i tablice substytucyjne, wykład 6 (.pdf 115KB)
Publikacja dotycząca PSI-BLAST (.pdf 200KB)
Publikacja dotycząca statystyki BLAST'a (.pdf 1.2MB)
Uliniowienie wielu sekwencji, wykłady 7-8 (.pdf 170KB)
Publikacja dotycząca złożoności problemu uliniowienia wielu sekwencji (.pdf 290KB)
Progresywne uliniowienie, wykład 9 (.pdf 55KB)
Publikacja dotycząca CLUSTAL W (.pdf 2.7MB)
Publikacja dotycząca T-Coffee (.pdf 245KB)
Modele ewolucji sekwencji DNA, wykład 10 (.pdf 55KB)
Ukryte modele Markowa, wykład 11 (.pdf 100KB)
Konstrukcja drzew filogenetycznych, wykłady 12-13 (.pdf 85KB)