Idea seminarium

Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej dziedzinie. Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i większości wiodących uniwersytetów. Obliczeniowa biologia molekularna jest bardzo pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka.

Jest to seminarium magisterskie przeznaczone głównie dla studentów informatyki na wydziale MIM UW.

Tematami prelekcji są:

prace opublikowane na łamach renomowanych czasopism naukowych;
wyniki studentów otrzymane podczas ich zmagań z pracami magisterskimi;
zagadnienia molekularnej biologii obliczeniowej, którymi zajmują się zaproszeni goście;

top

Informacje

Na seminarium zapraszają:: Jerzy Tiuryn
Anna Gambin
(Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
Czas i miejsce: Seminarium odbywa się na wydziale MIM Uniwersytetu warszawskiego,
Banacha 2 (wejscie od Pasteura), sala 5840
czwartki, 12.15-13.45

Tematy i terminy seminariów

Plan seminariów w semestrze letnim roku akademickiego 2007/2008.

21.02.2008	Marcin Balcerzak	Praca magisterska: fagi :)	.pdf
28.02.2008	Jarosław Paszek	O historii ewolucji transpozonów ssaków.	.pdf
06.03.2008	Michał Modzelewski	O algorytmie OrthoMCL.	.pdf
13.03.2008	Aleksander Mielczarek	Praca magisterska: Algorytmiczne metody badania mozaikowatości bakteriofagów.	.pdf
20.03.2008	A.G. & J.T.	Propozycje tematów prac magisterskich
27.03.2008	Michał Woźniak	Wyszukiwanie funkcjonalnych modułów w ewolucyjnie konserwowanych sieciach oddziaływań białko-białko	.pdf
03.04.2008	Anna Gambin	Stochastyczne modelowanie w proteomice	.pdf
10.04.2008	Michał Przyłuski	O klasycznym spojrzeniu na ewolucję życia na Ziemi	.pdf
17.04.2008	Paweł Banasik	Praca magisterska	.pdf
24.04.2008	Marcin Jurkowski	Praca magisterska	.pdf
08.05.2008	Michał Startek	Praca magisterska	.pdf
15.05.2008	Kamila Muraszkowska	Praca magisterska	.pdf
29.05.2008	Paweł Banasik	Praca magisterska: Analiza wrażliwości modeli szlaków sygnałowych	.pdf
05.06.2008	Michał Modzelewski	Praca magisterska: multiuliniowienie sekwencji z drzewem filogenetycznym	.pdf

Propozycje prac magisterskich:

1. Cis-regultorowe moduły (JT). (Aleksander Jankowski)

2. Obszary promotorowe i profile ekspresji (ND).

3. Analiza miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych (ND).

4. Jednoczesne budowanie drzewa filogenetycznego i multiuliniowienia (ND).(Michał Modzelewski)

5. Stochastyczne modelowanie szlaków sygnałowych (AG). (Michał Lula)

6. Modelowanie procesu proteolizy (AG). (Piotr Dittwald)

7. Wizualizacja drzew filogenetycznych (PG).

8. Dokładniejsza rekonstrukcja drzew genów (PG) (Kamila Muraszkowska).

Plan seminariów w semestrze zimowym roku akademickiego 2007/2008.

04.10.2007	AG & JT	Spotkanie organizacyjne
11.10.2007	Miłosz Darżynkiewicz	Praca magisterska: Wyszukiwanie motywów w genomach.	.pdf
18.10.2007	Miłosz Darżynkiewicz	kontynuacja
25.10.2007	Mateusz Patelak	Przewidywanie miejsc wiązań czynników transkrypcyjnych.	.pdf
08.11.2007	Mateusz Patelak	kontynuacja
15.11.2007	Kamila Muraszkowska	Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych.	.pdf
22.11.2007	Michał Woźniak	Sieci regulacyjne z wykorzystaniem mikro RNA.	.pdf
29.11.2007	Piotr Dittwald	Wprowadzenie do tematyki macierzy CGH i różnorodności CNV.	.pdf
06.12.2007	Aleksander Jankowski	Odkrywanie cis-regulatorowych RNA w prokariotach.	.pdf
13.12.2007	Aleksander Jankowski	kontynuacja
20.12.2007	Michał Lula	Szacowanie CVN poprzez klastrowanie hierarchiczne.	.pdf
03.01.2008	Piotr Domanski	Wykorzystanie kryterium minimalnej ewolucji do modelowania rearanżacji, rekombinacji i horyzontalnego transferu	.pdf
10.01.2008	Robert Źrałek	Porównanie metod segmentacji danych aCGH.
17.01.2008	Robert Źrałek	kontynuacja
24.01.2008	Katarzyna Siudek	Drzewo przedzialowe jako metoda redukcji cech dla danych CVN.

top

Przykłady tematów prac magisterskich z poprzednich lat

Analiza kontekstowego modelu porównywania sekwencji molekularnych, mgr Rafał Otto
Klasyfikacja danych w oparciu o ekspresję genów, mgr Joanna Reda
Probabilistyczny model badania ekspresji genów metodą DNA-Chip, mgr Bartosz Wilczyński
Wybrane własności pewnej metryki dla drzew filogenetycznych, mgr Łukasz Bolikowski
Klasteryzacja i klasyfikacja danych spektrometrycznych, mgr Bogusław Kluge
Analiza motywów regulatorowych w białkach histonowych, mgr Ignacy Kowalczyk
Modelowanie optymalnej sieci regulacji genów, mgr Andrzej Mizera
Modelowanie regulacji genów w biologicznych sieciach, mgr Katarzyna Bożek

top